| 监测类别 | 监测对象 |
| 生物生态指标 | 浮游生物
| 浮游植物的种类组成、数量分布、优势种及多样性指数；浮游动物的生物量、种类组成、数量分布、优势种及多样性指数。
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| 大型底栖生物 | 大型底栖生物种类组成、栖息密度、生物量、优势种及多样性指数。 |
| 潮间带生物 | 潮间带底栖生物的种类组成、栖息密度、生物量、优势种、各潮区分布及多样性指数。 |
| 微生物 | 细菌总数、异养细菌总数、总大肠菌群数量、粪大肠菌群数量、弧菌数量。 |
| 鱼卵仔稚鱼 | 鱼卵仔稚鱼的种类组成、数量分布。 |
| 游泳动物 | 游泳动物的种类组成、资源密度；鱼类、虾类、蟹类、头足类等各门类的种类组成和资源密度；游泳动物相对重要性指数、优势种及多样性指数；主要经济种类生物学特性、幼体比例。 |
| 海洋生物质量 | 海洋生物体内总汞、铜、铅、镉、锌、铬、砷、硒、石油烃、六六六、滴滴涕、多氯联苯、狄氏剂等。 |
| 初级生产力 | 叶绿素a及初级生产力。 |
| 非生物生态指标 | 海水水质 | 汞、镉、铅、砷、锌、硒、铜、镍、总铬、溶解氧、悬浮物、pH、活性磷酸盐、活性硅酸盐、硝酸盐氮、亚硝酸盐氮、氨氮、总磷、总氮、无机磷、生化需氧量、化学需氧量、氰化物、硫化物、氯化物、挥发性酚、阴离子洗涤剂、油类、多氯联苯、六六六、滴滴涕、狄氏剂等
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| 海洋沉积物质量 | 总汞、镉、铅、锌、铜、铬、砷、有机碳、硫化物、油类、含水率、氧化还原电位、总磷、总氮、六六六、滴滴涕、狄氏剂、多氯联苯等 |
| 海洋气象观测 | 风速、风向、气温、气压、湿度、海况、天气现象 |
| 海洋水文观测 | 水深测量、水温观测、盐度测量、海流观测、海浪观测、水位观测、海水透明度观测、水色观测。 |